#Ubuntu #PCsettings #python #PsychoPy[*** Aim]M2 Pro mini で psychopy がうまく動かなかったので，Ubuntu 20 でためす．[** Conda で環境きる]`conda create -n PsychoPy python=3.10`

#PCsettings #python #MATLAB #macOS #Ventura #7_DataAnalysis[*** Mac mini M2Pro 2023 mac OSのセットアップ][** 初期起動 general]マウスの接続必要，途中でキーボードもApple アカウントの設定など

#7_DataAnalysis #Windows11 #PCsettings #python #MATLAB[*** Aim]実験用の PC がラップトップ Pavilion Aero Laptop だと不便になってきたので Minisforum の　UM773Lite を導入[*** MSアカウント]Windows セットアップの際に最初に WiFi に接続するか聞かれるが，繋げるとオフラインアカウントが作れない．

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #Ubuntu #PCsettings #softwear[*** Aim]Kaoru_pupil 実験用[*** Procedure][** 1. Prep videos]

#PCsettings #python #MATLAB #macOS #Ventura #7_DataAnalysis #Allen_SDK[*** AllenSDK を使ってみたい．][Sharing neurophysiology data from the Allen Brain Observatory https://elifesciences.org/articles/85550][GUIDE: Brain observatory https://allensdk.readthedocs.io/en/latest/brain_observatory.html]

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #Ubuntu #PCsettings #Suite2p[*** Aim]GPU マシン用に Galleria を購入したので，Windows を消去して，Ubuntu でセットアップしてみるUbuntu 18.04 の liveUSB を作成して，挿しとく．NVIDIA driver を入れるために，secure boot を切る

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #Ubuntu #PCsettings #softwear[*** Aim]PyTorch 1.11.3 に対応するため　CUDA を 11.3 -> 11.7に変更[参考　https://e-penguiner.com/install-upgrade-specific-cuda/][*** Ploblems]

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #Ubuntu #PCsettings #softwear[*** Aim]最新版のnvidia driver と CUDA と　cuDNNをインストール[*** Points...]HDMI 出力がおかしいかも．

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #Ubuntu #PCsettings #softwear[*** Aim]PyTorch まわりでえらー？でるので　11.2→11.3に変更tensorflow の対応が 11.2 までだが，cellpose で pytorch を使うにの cuda 11.3 と書いてあるので...[** 1. NVIDIA-driver, CUDA, CUDNN の uninstall]

#7_DataAnalysis #Windows11 #PCsettings #python #MATLAB[*** Aim]Pavilion Aero Laptop 13-be0xxx のセットアップ（主に MATLAB 周り）学生さんが Windows ユーザだったので，解析用のファイルが使用できるように，周辺環境整備．その他もろもろ．

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #Ubuntu #PCsettings #softwear[*** Cause]python から直接呼び出しもできなくなっていた．エラーはImportError: libffi.so.6: cannot open shared object file: No such file or directoryUbuntu20.04 では libffi.so.7 になっているのが原因なので

#7_DataAnalysis #python #matlab #Ubuntu #PCsettings #softwear[*** Aim]京大CWL で MATLAB をしようするために，再インストール．専用ポータルサイトから大学のアカウントでログイン，インストール用のイメージをバージョンごとに取得インストールは通常の手順（途中ログイン必要）

#7_DataAnalysis #Chainer #Python #Ubuntu #PCsettings #softwear[*** Aim]Deep Learning で波形認識（saccade, blink) をやりたい[*** 参考][https://japan-medical-ai.github.io/medical-ai-course-materials/ メディカルAI専門コースのオンライン講義資料]

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #Ubuntu #PCsettings #softwear[*** Aim]Ubuntu 18.04 から 20.04 に upgrade, かーねるもupgrade したがGPU まわりがおかしかったので，入れ直し[** 1. NVIDIA-driver, CUDA, CUDNN の uninstall]`sudo apt remove --purge nvidia*`

#7_DataAnalysis #Suite2P #Python #Two-photon #macOS #pyenv[** Aim]pyenv で CONFIGURE_OPTS="--enable-shared" で python を install すると `python` や `pip` がダイナミックに変更されてしまって，２つのバージョンで "--enable-shared" してしまうと site-package が共通になって意味ない．

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #Ubuntu #PCsettings #softwear[*** Aim]CUDA のバージョンアップするが，以前のバージョンものこしておく[** 1 CUDA の install][Ubuntu で複数 CUDA 環境 https://www.nemotos.net/?p=4716&]

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #Ubuntu #PCsettings #softwear[*** Aim]とりあえず DLC が RTX3080 でもそのまま動くようになったので， deeplabcut-live を試す．[*** install][** 1.dlc-live の install]

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #Ubuntu #PCsettings #softwear[*** Aim]Deeplabcut を RTX3080で使うDLC が CUDA 11.2〜に対応してTensorflow=2.4 でCUDA >= 11.4 も OK[** 1 Nvidia-driver の install]

#7_DataAnalysis #Suite2P #Python #Two-photon #macOS #pyenv[** Aim]pyenv 環境で入れた python で Suite2p を使いたいが，dependency で対応が取れてないのでなんとかする．基本的には，以下を回避pyenv で configure==enable で入れた python の問題（MATLAB から python 呼ぶのに必要だった）

#7_DataAnalysis #Python #PCsettings #Spykesim[*** Aim]macOS BigSur (& Catalina) でSpykesim の環境整備[Spykesim https://github.com/KeitaW/spykesim] の元ページ@github[** 1 python 環境の準備（pyenv を使用）]

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #Ubuntu #PCsettings[*** Aim]Deeplabcut を RTX3080で何とか使いたいTensorflow <= 2.4 はCUDA11.0 までしか適応してないが，RTX3080 の nvidia-driver >= 455 で CUDA >= 11.1なので，tensorflow から GPU が認識されない．

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #Ubuntu #PCsettings #DeepLabCutLive[** Aim]GUI で[** 1 deeplabcutlive の install]`pip install deeplabcut-live`

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #Ubuntu #PCsettings #DeepLabCutLive[** Aim][自前で tensorflow をビルドした https://scrapbox.io/lattice/Galleria_(Ryzen7_+_RTX3080)_で_Deeplabcutcore,_tensorflow_が対応してないので自分で_ビルドする必要ある] で RTX3080, Cuda 11.2 でも tensorflow に GPU 認識させることができたので

#7_DataAnalysis #DeepLabCut #Python #macOS #pyenv[** Aim]平さんの Qiita を参考にpyenv で CONFIGURE_OPTS="--enable-shared" で python を install すると `python` や `pip` がダイナミックに変更されてしまって，２つのバージョンで "--enable-shared" してしまうと site-package が共通になって意味ない．

#7_DataAnalysis #Suite2P #Python #Two-photon #macOS #pyenv[** Aim]pyenv で CONFIGURE_OPTS="--enable-shared" で python を install すると `python` や `pip` がダイナミックに変更されてしまって，２つのバージョンで "--enable-shared" してしまうと site-package が共通になって意味ない．

#7_DataAnalysis #python[** Aim]pyenv で python を install すると tkinter (GUI 用のライブラリ）がうまく読み込めない場合があるので修正[* Method]pyenv で python を install するまえに .zshrc に以下を追加