DeepLabCut で eye tracking

Aim

Kaoru_pupil 実験用

Procedure

1. Prep videos

BitPlayer で記録した .avi 結合．

cd /path/to/AnimalID/Movie1/

concat_avi

output.avi ができるので，名前を変更

2. Starting up DeepLabCut

code: starting up

python -m deeplabcut

3. Deep Lab Cut 作業（すでにプロジェクトがある場合）

1. Manage project

configure.yaml を読み込む

Add new video で，1で結合した動画ファイルをしてい．

2. Extract frames

ラベル用のフレームが動画から抽出される．

configure.yaml 内に何枚抽出するかしていできる（今は 50）すくなければ，ふやす．

3. Label frames

抽出したファイルをもとに pupil 輪郭　８点（上から半時計回り）　をクリック．

最初にダーッとさくせいして後から微調整してる．

4. Create training dataset で shuffle 数を決めて（５でやってる）create

5. Train network で save iteration と max iteration （200Kくらい）に指定．

Image size 152, 160 may be too samll　エラーが出るので　Edito pose_cfg.yaml ボタンから min input_size を60 くらいに変更

Train Network

6. Evaluate Network はボタン押すだけ

7. Analyze Video

ファイルタイプを選択（avi）

Add more videos で解析対象の動画ファイルを選択．

Shuffle 等は変更しない

Analyze Video ボタン

8. Create Video

ラベル付きの動画を出力する場合は，これもやる．

必要な video を選んで Create Videos