M2Pro MacMini setup 20230516

Mac mini M2Pro 2023 mac OSのセットアップ

初期起動 general

マウスの接続必要，途中でキーボードも

Apple アカウントの設定など

クレジットカード

ローマ字入力

句読点設定:メニューの日本語入力設定一番下，「. と, 」に設定，¥キーは\に．

入力メニューに英数

Finder 設定

一般

ハードディスク，外部ディスク，接続中のサーバーなど全部表示

新規 Finder ウインドウを何で開く（home）

サイドバー

最近の項目は消す，home は表示，接続中のサーバー，外部ディスクなどなど

リモートログインを on （ssh）

画面共有，ファイル共有など）

ローカルホスト名→編集して名前変更

デスクトップと Dock

Dock の位置

ウインドウをしまうとき→スケールエフェクト

Dock を自動的に表示/非表示

メニューバーの常時/非表示→フルスクリーン時のみ

デフォルトの Web ブラウザ → Choosy （あとで インストール）

ホットコーナー→右上を画面スリープ

壁紙

ソーラーグラディエント

フォント

Monoid

Ventura だと スタイルごとにインストールできてないかも？（名前が一緒なので置き換えるかどうか聞かれる）

/icons/hr.icon

ブラウザ

Safari

iCloud か何かで同期されるので特になし．

Choosy インストールしたら，機能拡張を ON

google アカウントのログイン関係色々あるので早めに入れておく

最初の google アカウント有効時にログイン時のパスキー要求などが？？？

iPhone のスマートロックが使えれば？だめなら SMS 認証．

ログインできたら，paperpile 有効に

大学のアカウントもログイン

ラボ様 Gmail アカウントもログイン，ログイン情報は，Safariに

Choosy

slack 入れてから設定

Rules で一番上に，pubmed 更新情報の slack チャンネル用に chrome で開くルールを設定

"Souce application", "is", を選んで

Slack を選択

下のパネルで，"Always use this blower" を選択し，Chrome の自分のアカウントを選択

クラウド

Dropbox

Ventura では，/Users/lattice/Library/CloudStorage/Dropbox に配置．

google drive

インストールして，Finder のメニューにあるアイコンから google アカウントと連携

メーラ

Spark

App Store から

Mimestream

有料化したのでもう使わない

画面共有

Mac/ Ubuntu

Finder から Cmd + K で画面共有

vnc://ip.add.ress でリモートにログイン

PC3 は b****, PC4 は????? , M1mini は b****

Chromeリモートデスクトップ

指示に従ってダウンロード

Win pc の PIN は 生年月日

/icons/hr.icon

Terminal 周り

Xcode

ライセンス認証．インストール後に立ち上げるか

sudo xcodebuild -license

Xcode Comannd line tools

Xcode の開発者オプションから行くか

一般の設定

フォント Monoid 16

Xcode Appstore から？ 最初に開いて ライセンスに Agree する必要あり

Git, ssh

Ventura の場合 git, ssh は最初から使える．

git config の設定（名前，メアド）

ssh-keygen で鍵の設定

scp -P 22 ~/.ssh/id_ed25519.pub *name*@ip.add.re.ss:/home/****/.ssh/authorized_keys

サーバー側の path は ~ が home フォルダに展開されないので全部書いた方が良い

ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_****.pub *name@ip.add.re.ss

Homebrew

インストール完了後 Next steps: にしたがって

(echo; echo 'eval "$(/opt/homebrew/bin/brew shellenv)"') >> /Users/lattice/.zprofile

code: install prezto

setopt EXTENDED_GLOB

for rcfile in "${ZDOTDIR:-$HOME}"/.zprezto/runcoms/^README.md(.N); do

ln -s "$rcfile" "${ZDOTDIR:-$HOME}/.${rcfile:t}"

done

Terminal 開き直したらスタイル適応されている

git の branch 名表示や zsh 補完など

code: ~/.zpreztor

zstyle ':prezto:load' pmodule \

'environment' \

'terminal' \

'editor' \

'history' \

'directory' \

'spectrum' \

'utility' \

'completion' \

'git' \

'syntax-highlighting' \

'autosuggestions' \

#

'history-substring-search' \

'prompt'

/icons/hr.icon

python 環境

pyenv で環境の切り替えはしたい使用したい，

mouseDB は brew で入れた python-tk を使用して，pyenv local system でバージョン指定しておく

そのほかのバージョンも pyenv で切り替える．

Ventura に元から入ってるのは 3.9.6 なのそれ以上が必要かと思われる．

Matlab 2022a は 3.9 までしか対応してない

pyenv

brew install pyenv

tkinter for mouseDB

pyenv で環境作りたかったが，tcl-tk のバージョンミスマッチのせいで tkinter が使えない．

code: setup python

brew updagte

brew install pyenv

brew install xz

brew install sqlite-analyzer

brew install tcl-tk

#########

# 色々試したが pyenv だと tkinter がうまく使えなかったので

#########

brew install python-tk@3.11

pyenv global system

python3 -m tkinter

pip3 install pandas numpy scipy

CONFIGURE_OPTS="--enable-shared" pyenv install 3.9.10

tkinter for mouseDB

tk のバージョンが 9 になって，対応しなくなってので，brew で python を再インストール

brew reinstall python-tk@3.11

python3.11.10 が入ったので，~/.zshrc をupdate して

（system の python3 は python3.13)

も変更して mouseDB 起動できた．

/icons/hr.icon

mosh （つかえなくなった？）

/opt/homebrew/opt/Celler/mosh/1.4.0/bin/mosh-server

/opt/homebrew/bin/mosh-server

mac から接続はできるが，他からこの mac に mosh で接続できない．．．

他のサーバにもせつぞくできなくなってしまった．

MBPR の時のように，fix-mosh-server を作成したが指定した mosh-server の場所が，not found になる????

code: ~/.zshrc

fix-mosh-server(){

fix-mosh-server(){

local fw='/usr/libexec/ApplicationFirewall/socketfilterfw'

local mosh_sym='/opt/homebrew/Cellar/mosh/1.4.0/bin/mosh-server'

sudo "$fw" --setglobalstate off

sudo "$fw" --add "$mosh_sym"

sudo "$fw" --unblockapp "$mosh_sym"

sudo "$fw" --setglobalstate on

}

/icons/hr.icon

アプリ

Bartender4

gmail にライセンス情報

ランチャー

トリガーを Ctr + A に

Raycast に切り替え．

ひとまず Ctr + Aに

Clipboard 履歴の昨日は良いかも？

Spotlight 検索もできる

Affinity2

Designer, Photo, Publisher はライセンス購入ずみ

立ち上げたあとシリアル番号聞かれる

Adobe Lightroom

Adobe アカウントでログイン safari

VS Code

Cmd + shift + P で "code" と入力して，Shell 内に "code" で立ち上がるようにする．

フォントなどの設定 → サイズ 16 くらいにして，Monoid を最初に入れておく

機能拡張

Python( + Pylance)

Japanese Language Pack for Visual Studio Code（自動で聞いてくる）

MATLAB

Remote-SSH (Remote-SSH:Editing Configuration, Remote Explore)

vscode-icons

Git Graph

Julia

Cmd+, で設定開く

"pyenv" と入力して python の設定を検索

python > Terminal:Activate Environment のチェックを外す

logioption+

ロジクールのマウス Mx master3 用に

goolgeアカウントでログイン

...Spotlight が呼べなくなっている

スクロールの方向を自然に

Slack

Appstore から

google アカウントでログイン

Zoom

大学のアカウントでログイン

AppCleaner

/icons/hr.icon

MATLAB

大学の CWL から R2022a．

フォントの設定，Monoid 14pt などなど

Data Acuqisition Toolbox Support Packages for National Instruments NI-DAQmx Devices を入れる

Image Acquisition Toolbox Support Package for Point Grey Hardware を入れる

Fiji

R

Rstudio

ggplot2

そのほか

Julia

brew install --cask julia

brew で入れたとき，update はどうなるのか？？

code: ~/.zshrc

# Julia with stan

export JULIA_CMDSTAN_HOME="$HOME/bin/cmdstan"

export CMDSTAN="$HOME/bin/cmdstan"

launchctl setenv CMDSTAN ~/bin/cmdstan

export JULIA_NUM_THREADS=12

Stan

Julia で stan を使うには， cmdstan が必要

Cmdstan

code: install Cmdstan

# mkdir ~/bin

cd ~/bin

cd cmdstan

# following.

code: ./make/local

# To use this template, make a copy from make/local.example to make/local

# and uncomment options as needed.

# everything gets rebuilt.

# Change the C++ compiler if needed

CXX=clang++ # Only needed on macOS if clang++ is preferred.

# Enable threading

STAN_THREADS=true

# Enable the MPI backend (requires also setting (replace gcc with clang on Mac)

# STAN_MPI=true

# CXX=mpicxx

# TBB_CXX_TYPE=gcc

code: make & test

# make clean-all

make -j12 build

# Test cmdstan

make examples/bernoulli/bernoulli

./examples/bernoulli/bernoulli num_threads=12 sample num_chains=4 data file=examples/bernoulli/bernoulli.data.json

bin/stansummary output_*.csv

Stan.jl

https://gyazo.com/f287fdf35ceb88a3c762d0863c8b7ec9

MBPR16 からのデータ移行

MBPR16 (Intel) の場合，システム環境設定→起動ディスク→ターゲットディスクモードで起動

MBPR の画面に Thunderbolt or USB のマークがふよふよしてる．

Thunderbold 4 ケーブルで Mac mini に接続すると Th マークだけでてる（ので認識されてるはず）

パスワードを聞かれるウインドウが mini に出る（Spaces で別のデスクトップに出る可能性あるの）

パスワード通ったら，外部ディスクとしてマウントさる．

マニュアルで必要なファイルを写す．

終了するときはMBPR をアンマウント，電源長押し？で終了

/icons/hr.icon

MouseDB

Ventura では Dropbox の場所が Library の中になったので ~/Dropbox で移動できない

python 設定が面倒なので

cd /Users/lattice/Library/CloudStorage/Dropbox/mouseDB

pyenv local system

で，mouseDB で使う python を指定

Matlab で python 設定（できてない）

Ventura では python 3.9〜

Matlab2022a は python 3.7~3.9

だったので，pyenv で 3.9 を使おうと思ったが，

Matlab 上で pyenv('Version', '~/.pyenv/versions/3.9.*/bin/python') した後 py.sys.path しても

sys package 呼べない．いくつか別のサブバージョン試したがだめだった．

ひとまず mac の MATLAB では python いる作業をしない...

MS Office for mac

VL の Office for Mac 2019 を COI0 からダウンロードして入れる．

Microsoft_Office_16.31.19******_installer.pkg -> Word と Excel と PP だけ選択してインストール．

ライセンス認証があるので，Serializer_2019_******.ISO から serializer.pkg をインストール．

アプリ起動の最初で MS アカウントにログイン求められるが スキップして無視する．

A3 ライセンス使えるようになったら移行する？

BitPlayer

git clone git@github.com:kassailattice628/BitPlayer.git

/icons/hr.icon

そのほか

スクリーンショット

保存の時に右下にフローティイングする時間がイラつく場合は

Shift + Cmd + 5 で選択範囲下 → オプション → フローティングサムネールの表示をオフですぐ保存される．

保存場所を帰る時もオプションから，デフォルトはデスクトップ

Remarks