わかりやすいシステム構成図の書き方 - Qiita
ポイント1. 製品名称ではなく「役割」を書く
ポイント2. データと処理を形で書き分ける
ポイント3. データの流れと制御の流れで線を書き分ける
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わかりやすいシステム構成図の書き方 - Qiita
より複雑な場合は
UML
を検討する