風呂敷を広げすぎて有象無象が群がりバズワードとして消費された

廃れてしまった理由としては(1)がまず一番大きいと思います。カオスや自己組織化の流れをくみ、数理や物理を基礎に活動していた初期の研究者に対して、後半はいろんな分野の人が何でもかんでも複雑系のノリで言葉(だけ)を使い始めてしまいました。

今でも「複雑系としての」をキーワードでググると、いかに複雑系というワードが色んな分野で消費されたのかの一端を、出てくる本などのタイトルから感じ取ることができます。

自然科学から社会まですべてが複雑系みたいに大風呂敷をひろがたのがいけなかったのだと思います。結果として胡散臭い分野という雰囲気も残念ながら醸造されてしまったかと思います。