漏斗モデル
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タンパク質が規則的な構造に折りたたまれていく過程を表現するモデル タンパク質が安定的で規則的な構造をとるということは、自由エネルギーが小さい状態へと映るということであり、その過程で、次第にとりうる構造の形が制限されていき、最終的にはいくつかの安定的な構造をとる この過程は常に熱による撹乱を受けているので、タンパク質は、局所的には安定だが自由エネルギーが大きい状態(局所的最適)である構造から抜け出したり、複数の安定的な構造を同時にとったりすることがある
タンパク質の安定性は、折りたたまれていない状態と折りたたまれた状態との自由エネルギーの差によって決定される
折りたたまれていない状態に対して、折りたたまれた状態がより小さい自由エネルギーをもっていれば、その構造はより安定であるといえる