設定の変更が適用されない

一部設定には、適用にこれが必要なものがあります。必要なものにはダイアログにそう明記されています。

AviUtlの再起動を行う前にもう一度設定画面を開いている

AviUtlの再起動するまでは設定が確定しないため、再度開くことで変更前の設定を上書きすることになります。その状態では再起動しても変更前の設定になります。（何故か再起動前に必ずこのような余計な手順を行って上手くいかないケースがよく見られます）

再起動を行ったにも関わらず適用されない

プラグインの組み合わせや設定によっては終了処理が正常に行われずに、正常に保存されないことがあります。（例としてSplitWindowとCurve Editorの組み合わせで問題が確認されています。アルティメットプラグインへの移行を検討してください）

設定ファイルiniを直接編集している際に、AviUtlを起動したまま行っている

aviutl.iniを編集しても、AviUtlが実行中であれば終了時などに実行中の設定で保存がかけられることがあります。