yamaken
Nextflowの並列処理のパターンについて整理して、他のWorkflow言語だとどう書くか整理したい
CromwellでWDLを実行する際にOutputディレクトリを指定する方法
JointGenotyping.wdlの実行方法
cromwellの設定(configファイルの書き方)
WDL内で相対パスを使う場合、WDL内におけるカレントディレクトリはWDLのファイルが置いてあるところ
WDLのオプショナルな入力ファイルがあるときだけ切り替える方法
Nextflow力をあげるために取り組みたいサイト
ショートカット
Nextflowのconfigファイル内で変数定義できるよ_paramsとprocessの変数一元管理
nextflowのchannel生成において、何かのプロセスのoutputがキューchannelになってるのをバリューchannelにする方法
Nextflowのおもしろそうなチュートリアル
Nextflowのキャッシュ実行
Nextflowで前のプロセスの出力使いたくないけど、前のプロセス終わってから次のプロセス実行したいときの対応策
withIndex関数:Nextflowで連番(index)付き(tupple)にする方法
multi inputのワークフローでがっちゃんこするときはtupleで集めた出力をkeyのjoinで一つのtupleにまとめる
nextflowで.txt(テキストファイル)を読み込み各行に書かれたパスをリストオブジェクトに格納し並列実行する
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AWS記事_Architecture
AWS記事_Runtime and computing cost for Oxford Nanopore basecalling