CromwellでWDLを実行する際にOutputディレクトリを指定する方法
#WDL
#cromwell
options.jsonファイルを作成
code:options.json
{
"final_workflow_outputs_dir": "/path/to/desired/output/directory"
}
cromwell実行時に、--options options.jsonで出力先を指定すれば、outputファイルをそこに集めることができる
参考
https://cromwell.readthedocs.io/en/stable/CommandLine/
https://cromwell.readthedocs.io/en/stable/wf_options/Overview/