Miniconda + conda-forgeによる環境構築 (2024.06.26)
2024年3月からAnacondaが非営利機関でも有償化になったため、徐々に別の環境に移行していく。
現在のところ、Minicondaにconda-forgeを使って必要なパッケージを入れていくのがよさそう。
とりあえず、Windows11環境での環境構築方法。
(2024.06.27 M1 Mac用にインストール方法追記）
Anacondaのアンインストール
code:Anaconda Promp
conda install anaconda-clean
anaconda-clean --yes
設定＞アプリ＞インストールされているアプリ＞Anaconda＞右のポチポチ＞アンインストール
Minicondaのインストール
Miniconda3のページに行って最新バージョンをダウンロード
好きに設定をいじってインストール
Minicondaの確認
スタートメニューから、Anaconda Prompt(miniconda3)を選択
導入されたパッケージを確認
conda list
condaのチャネルからdefaults (Anacondaのチャネル)を削除する
conda config --remove channels defaults
condaのチャネルにconda-forgeを追加する
conda config --add channels conda-forge
condaのチャネルを確認する
conda config --show channels
conda-forgeのみ表示されていればOK
必要なパッケージのインストール
チャネルからdefaultsを除いていてもなぜかたまにAnacondaのレポジトリからインストールされることがあるので注意
-c オプションでチャネルを指定する場合は、--override-channelsオプションも合わせて指定する
例 conda install scikit-learn -c conda-forge --override-channels
y-goto.iconがよく追加しているパッケージ
conda install numpy pandas scipy matplotlib seaborn scikit-learn scikit-image jupyter jupyterlab -c conda-forge --override-channels
Cellpose
例 conda install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=12.1 -c pytorch -c nvidia -c conda-forge --override-channels
pip install cellpose
M1 Macの場合
Miniconda3のページに行って最新バージョンのbashをダウンロード
例：Miniconda3 macOS Apple M1 64-bit bash（ダウンロードされたファイルは、Miniconda3-py38_4.10.1-MacOSX-arm64.sh）
ターミナルを開いて
code:Terminal
cd Downloads
bash Miniconda3-py38_4.10.1-MacOSX-arm64.sh
Windowsでのトラブルシューティング
2025/6/20 上の方法で環境構築して、jupyterのkernelが強制終了する現象が発生。
原因
OpenMPライブラリの競合問題
NumpyがIntel MKL経由でlibiomp5md.dllを読み込むが、Pytorchは独自バンドルの同じDLLを読み込む。Windowsでは同じDLLの複数インスタンスを許可しないのでエラーが出る。
対処法
Windowsのメニューから「環境変数の編集」を選択
ユーザー環境変数で「新規」
変数名: KMP_DUPLICATE_LIB_OK
値: TRUE
OKで保存し、完了
複数のOpenMPライブラリが存在しても続行してOK、という指示
参考
created by y-goto.icon
created at 2024/6/24
last edit 2025/6/19 y-goto.icon