AutoDockTools
Vina用のファイルの前処理とか
mgltools_x86_64Linux2_1.5.7.tar.gzとかを落とす
スパコン上などだとこれをそのまま入れられない?、AutoDockVinaToolsのところだけ使うなら問題ない
./install.shする
展開するMGLToolsPckgs.tar.gz
bin/python LD_LIBRARY_PATH に /mgltools_x86_64Linux2_1.5.7/libを通して使う
./MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py
mol2 to pdbqt
code:;
$MGL_PATH/bin/python \
$MGL_PATH/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24/prepare_ligand4.py \
-l ligand.mol2 \
-C -o ligand.pdbqt