Gephiワークショップ
著:小風尚樹(@2019-11-06)
このページでは、ネットワーク分析ソフトGephiの使い方の一部を紹介します。
使い方の一部とは、すなわち、Gephiでデータを読み込み、グラフ理論に基づいた統計的計算を行い、グラフのレイアウトにそれらの計算結果を反映させること、です。
なお、作業の前提は、ノードのデータとエッジ(辺)のデータがそれぞれ揃っていることとします。
※筆者の作業環境
Gephi: version 0.9.2(ソフトの言語は日本語に設定)
OS: Windows 10
*データを読み込む手順の説明
1. Gephiを起動し、「ファイル」から「Import Spreadsheet」を選択します。
2. まずは、IDとLabelのデータが入ったノードの表データを選択して取り込みます(※PCの環境によっては、Excelファイルをあらかじめ開いておく必要がある場合があるようです)。
3.「Sheet: node」「Import as: Nodes table」となっていることを確認し、「次 >」→「終了」の順に選択します。
4.「報告をインポート」画面になったら、「グラフの種類」で「有向」か「無向」かを選択します。
5. ノードが「概観」ビューに表示されたら、「データ工房」ビューに移り、「データ・テーブル」の「辺」を選択し、「スプレッドシートのインポート」を選択します。
6. 今度は、エッジの表データを選択して取り込みます。
7.「Sheet: edge」「Import as: Edges table」となっていることを確認し、「次 >」→「終了」の順に選択します。
8.「報告をインポート」画面になったら、「グラフの種類」で先ほどと同じ「有向」か「無向」かを選択し、「Append to existing workspace」を選びます。
9. 「概観」ビューに戻ると、真っ黒のグラフが表示されているはずです。
*計算結果を反映する手順の説明
1. グラフが表示されたら、画面右側の「統計」タブを選択し、グラフに反映したい設定を選択します。たとえば、「平均次数」や「モジュラリティ」を選択してみましょう(※ グラフ理論に基づいたネットワーク分析における様々な指標については、たとえば[Barabási, 2019]などを参照してください)。
2. 計算結果のレポートの画面を閉じます。
3. まずは「平均次数」の結果を反映させるために、画面左側の「Appearances」タブの「Nodes」を選択し、「大きさ」ボタンをクリックしてから「Ranking」を選択し、「---Choose an attribute」と書かれているドロップダウンメニューの中から「Degree」あるいは「In-Degree」や「Out-Degree」を選択し「適用」をクリックします。
4. 「モジュラリティ」の結果を反映させるために、今度は「大きさ」ボタンの隣にある「色」ボタンを選択し、「Partition」の「---Choose an attribute」ドロップダウンメニューの中から、「Modularity Class」を選択し、「適用」をクリックします。
*レイアウトを調整する手順の説明
1. まずはグラフの形を整えるために、画面左下の「レイアウト」タブから「---レイアウトを選択」ドロップダウンメニューから「ForceAtlas 2」を選択し、「重なりを回避」と「より強い引力」オプションを選択して「実行」をクリックします。形が落ち着いたように見えたら、「中止」を押しましょう。
2. 画面中央の「グラフ」タブの下側には、ラベルを表示したりエッジの太さを調整するメニューがいくつかあります。読み込んだデータに日本語が含まれている場合、日本語フォントを選ぶ必要がありますので、適切なフォントを選んでください。
3. フォントを選ぶメニューの左方に、「ノードラベルを表示」ボタンがありますので、これをクリックして、ラベルが表示されることを確認してください。
4. あとは、エッジのサイズやフォントの大きさを見やすいように調整します。
*参考情報(ごく一部)
・金光淳. 社会ネットワーク分析の基礎:社会的関係資本論にむけて. 勁草書房, 2003年.
・鈴木努. ネットワーク分析 第2版. 共立出版, 2017年.
・Steele, Julie, ほか. ビューティフルビジュアライゼーション. 翻訳者: 牧野聡, オライリージャパン, 2011年.
・Barabási, Albert-László. ネットワーク科学: ひと・もの・ことの関係性をデータから解き明かす新しいアプローチ. 翻訳者: 池 田裕一ほか, 共立出版, 2019年.
・Cherven, Ken. Mastering Gephi Network Visualization. Packt Publishing Ltd, 2015.
・Grandjean, Martin. “A Social Network Analysis of Twitter: Mapping the Digital Humanities Community.” Cogent Arts & Humanities, edited by Aaron Mauro, vol. 3, no. 1, 2016, DOI:10.1080/23311983.2016.1171458.
・Haythornthwaite, Caroline. “Social Network Analysis: An Approach and Technique for the Study of Information Exchange.” Library & Information Science Research, vol. 18, no. 4, 1996, pp. 323–42. DOI:10.1016/S0740-8188(96)90003-1.
・Kadushin, Charles. Understanding Social Networks: Theories, Concepts, and Findings. Oxford University Press, USA, 2012.
・Newman, M. E. J. Networks: An Introduction. Oxford Univ Press, 2010.