Q.靴をwalletに移した瞬間にミステリーボックスが消えてしまったのですが不具合でしょうか？

いいえ、仕様です。

総エネルギーが減少する操作を行う場合、所持しているミステリーボックスが破棄されてしまうようです。

スニーカー3足を所持している状態で、1足をwalletに移し、所持数が2足になる場合が該当します。

Uncommonでも同様の事象が発生するかもしれません。

また、SpendingからWalletに送付する際、以下画像のような注意事項が出るようです。

https://scrapbox.io/files/6233f6bb015ec2001dacb7d1.png

翻訳すると

「この取引によってエネルギー上限が下がり、手続きすると未開封のミステリーボックスは消去されます。続ける？」です。

複数のスニーカーをお持ちの方は、スニーカーを送付する際、気を付けましょう。