pyOpenMS で DNA の fragment mass 質量計算

#日記 #2021年 #8月4日 2021年8月-4 11:14

pyOpenMSの核酸配列解析モジュールは、核酸残基データをModomics.tsv に登録して使うのだが、塩基、糖、リンカー(リン酸ジエステル)に分けて登録できないので、それらの組み合わせを個別に登録しないといけない点が欠点。多くの組み合わせを登録する必要がある場合は、各部位ごとに核酸を登録できるツール(OMA&OPAや理研のAriadne)の利用を検討した方がよい。(私はOMA&OPA互換のを作りました。)

https://pyopenms.readthedocs.io/en/latest/nasequences.html

/site-packages/pyopenms/share/OpenMS/CHEMISTRY/Modomics.tsv にDNAを追加登録する

例: deoxyuridine の name, short_name, new_nomenclature, originating_base, rnamods_abbrev, html_abbrev, formula, monoisotopic_mass , average_mass を記入()

deoxyguanosine dG dG G dG dG C10O4N5H13 267.0967554147 267.24192552007844

pyOpenMSでの化学式⇒質量変換にはEmpiricalFormulaクラスを使う

code: python

from pyopenms import *

dG = EmpiricalFormula("C10O4N5H13")

dG_mass = dG.getMonoWeight(),dG.getAverageWeight()

print( '\t'.join(map(str,mass_dU)))

# 267.0967554147 267.24192552007844