qimme2 casava emp
2019/9/20
それぞれ、公式でテストデータがある。
どちらもsingleで見て見る。
casava 1.8
サンプル識別子
バーコードシーケンスまたはバーコード識別子
レーン番号
読み取りの方向（つまり、R1のみがシングルエンド読み取りであるため）
セット番号
の5行ずつ。
code:bash
$ wget \
-O "casava-18-single-end-demultiplexed.zip" \
$ unzip casava-18-single-end-demultiplexed.zip
$ gunzip L1S105_9_L001_R1_001.fastq.gz
$ less L1S105_9_L001_R1_001.fastq
@HWI-EAS440_0386:1:25:4646:1592#0/1
AACGTAGGTCACAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGGAAGACAAGTTGGAAGTGAAATCTATGGGCTCAACCCATAAACTGCTTTCAAAACTGTTTTTCTTGAGTAGTGCAGAGGTAGGCGGAATTCTCGGGG
+
ffffffffgggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggegaggdbbgacgedgd__aca\a__QcGTTTRcd_dd]ZHXZ\\]Va_\_VWZYWQ^b[][X^[]]]XW\_BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
@HWI-EAS440_0386:1:25:3806:2202#0/1
AACGTAGGTCACAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGGAGAACAAGTTGGAAGTGAAATCCATGGGCTCAACCCATGAACTGCTTTCAAAACTGTTTTTCTTGAGTAGTGCAGAGGTAGGCGGAATCCCCGGTGG
+
gggggggggggggggggggggggggggggggggfafffdffff_ffcfggefggggggffedfafffRbd]dafcaeedced]d]cba_deeab]dcaccJb]]X^\XXcbb^badaada[aac_a___aBBBBBBBBBBBBBBBB
EMP protocol
code:bash
$ wget \
-O "emp-single-end-sequences/barcodes.fastq.gz" \
$ wget \
-O "emp-single-end-sequences/sequences.fastq.gz" \
$ cd emp-single-end-sequences
$ barcodes.fastq
@HWI-EAS440_0386:1:23:17547:1423#0/1
ATGCAGCTCAGT
+
IIIIIIIIIIIH
@HWI-EAS440_0386:1:23:14818:1533#0/1
CCCCTCAGCGGC
+
DDD@D?@B<<+/
$ less sequences.fastq
@HWI-EAS440_0386:1:23:17547:1423#0/1
TACGNAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGATGGATGTTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGATATCTTGAGTGCAGTTGAGGCAGGGGGGGATTGGTGTG
+
IIIE)EEEEEEEEGFIIGIIIHIHHGIIIGIIHHHGIIHGHEGDGIFIGEHGIHHGHHGHHGGHEEGHEGGEHEBBHBBEEDCEDDD>B?BE@@B>@@@@@CB@ABA@@?@@=>?08;3=;==8:5;@6?######################
@HWI-EAS440_0386:1:23:14818:1533#0/1
CCCCNCAGCGGCAAAAATTAAAATTTTTACCGCTTCGGCGTTATAGCCTCACACTCAATCTTTTATCACGAAGTCATGATTGAATCGCGAGTGGTCGGCAGATTGCGATAAACGGGCACATTAAATTTAAACTGATGATTCCACTGCAACAA
+
64<2$24;1)/:*B<?BBDDBBD<>BDD############################################################################################################################