全グラフ
https://scrapbox.io/files/62c3c3a1dbb0ce001d620f1b.png
全グラフを選ぶと、グラフの一覧を表示できます。
一覧にはグラフの保存先ディレクトリ(フォルダ)が表示されます。
https://scrapbox.io/files/62c3c4602b2201002311ece2.png
一覧から「Unlink」を選ぶと、対象のグラフを Logseq のグラフ一覧から削除できます。(この操作でグラフの保存先フォルダのファイルが消えることはありません)