CSSのカスタマイズ
まず設定（Settings）パネルの「一般」を選んでください。
Logseqアプリ上での表示をカスタマイズする
「カスタムテーマ」の「custom.cssを編集」ボタンを押して、cssファイルを直接編集してください。
Web向けの表示をカスタマイズする
「Export theme」項目の「Edit export.css」で Web向けの css設定ができます。
グラフをWeb向けに書き出す際、もしも export.css ファイルが存在する場合、custom.css よりも優先的に使用されます。ファイルがなければ custom.css がそのまま使用されます。
export.css は custom.css と同じ場所に作成してください。
Web向けに書き出す方法はパブリッシュ（Publish）を参照してください。