R でマウスの脳の領域の3D図を作成

#R #Figure #macOS

Aim

マウスの脳全体を透過っぽく表示して，目的の領域を別の色で示すような図を作る

R の cocoframer が良さそう

基本は，Allen のデータ（ccf_2017) を利用している．2020 は未対応？

mouselightr っていうのもある

Matlab だと BrainMesh

python だと BrainRender

Install R, Rstudio

R（と RStudio ）をインストール

Ubuntu の場合

Install packages

code:install cocoframer.R

#devtools なければ

if (!require("devtools")) install.packages("devtools")

# install cocoframer

devtools::install_github("AllenInstitute/cocoframer")

# その他のパッケージ

install.packages("purrr")

install.packages("rgl")

package ‘rbokeh’ is not available for this version of R とエラーが出る場合は，github から開発中のものを入れてからやり直す

code: install_cocoframer.R

#install the latest rbokeh

devtools::install_github("bokeh/rbokeh")

#rbokeh install できたら

devtools::install_github("AllenInstitute/cocoframer")

Run demos

インストールできたら，デモでやってみる．

code:Demo.R

library(cocoframer)

library(purrr)

library(rgl)

#脳全体: root

#上丘: SC

#上丘（感覚領域）: SCs

#下丘: IC

#Auditory cortex: AUD

# Primary audotory cortex: AUDp

#Visual cortex: VIS

# Primary visual cortex: VISp

#領域の名称は BrainExploer で確認？

#https://github.com/cortex-lab/allenCCF/blob/master/FP_table_Chon_2020.csv

structures <- c("root","SCs", "VISp")

mesh_list <- map(structures, ccf_2017_mesh)

names(mesh_list) <- structures

plot_ccf_meshes(mesh_list,

fg_structure = c("SCs","VISp"), #複数の場合はリストc() で指定

fg_color = c("magenta", "cyan"), #指定領域の色（c())

fg_alpha = c(0.4,0.4),

bg_structure = "root",

bg_alpha = 0.2)

rgl::bg3d(color = "transparent") # 背景を透明に設定

# View の向きはどう設定？

view3d(theta = 30, phi = 30) #デフォルト view3d(theta = 45, phi = 60, zoom=0.7)

others

アニメーション gif を作る際に imagemagick が必要

mac の場合

brew install imagemagick

して Rで brew install したものを使う場合

単発で使用する場合は

code: R

Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"), "/opt/homebrew/bin", sep=":"))

起動時に常に path を当巣場合は，~/.Renviron に保存

code: ~/.Renviron

PATH=$PATH(/opt/homebrew/bin

Date :2025/3/27

Modified Date :

Author :lattice.icon