◯◯じゃないかと思っていました

◯◯だと思っていた

◯◯ではないと思っていた

どっちのパティーンもありうる表現で、解釈がむつかしい。口頭でのやりとりなら雰囲気で読み取れることは多いかも。書き言葉でこれが出てくると、慎重に注意深く読む。