Markdownは「プレーンテキストで、構造(親子関係など)と注目箇所(強調)を表現する」ための記法
A Markdown-formatted document should be publishable as-is, as plain text, without looking like it's been marked up with tags or formatting instructions.
Markdownで書かれた文書はプレーンテキストとして、そのままの形で発行されるべきである。 しかし、タグや整形のための指示によってマークアップされているように見えてはならない。 -- John Gruber
プレーンテキストなので、どの媒体(Scrapbox、Note.mu、Evernoteなど)であっても使える。その記法に応じてレンダリングするか否かは別の話。必要になったら変換できる、くらいで捉える。