01遺伝子統計学セミナー
書き込み権リンク
2回
6月6日 土曜日
前半 まるさん
後半 わたなべさん
1回目
ヒトゲノムと遺伝子に関して今日はやる
DNA C/A/T/G で1本鎖 P12 図1
2本が水素結合している 2本鎖
A-T, G-C が相補的な塩基対。(RNAでは、Tの代わりにUが使われる)
水素結合弱い
1本は強い
100年以上前の骨からでもDNAは取り出すことができる。それくらい安定な物質
ヒトゲノム
46本の染色体に情報がおさめられている
1セットの染色体は父親からと母親からの1本ずつから作られる
染色体が多いから高度な生物というわけではない
全体: 3×10^9 塩基対
この中に、沢山の遺伝子がコードされている(ヒトでは数万?の遺伝子がある)
各遺伝子には、ON/OFFを決める制御配列と、タンパク質(アミノ酸配列)に翻訳される配列がある。アミノ酸に翻訳される部分をエクソンという。
SNP(single nucleotide polymorphism; 一塩基多型)により、遺伝子の働きが変化することがある。
SNP
個人内:細胞によって、微妙に塩基配列が変化したりする。
がんの原因になったりする。
個人間の違い(多型)
疾患の原因因子・リスク因子になったり
薬の効きやすさの違いになったりする
ヒトゲノム全体を網羅するSNPカタログを作る最初のプロジェクト
1000ゲノムプロジェクト
2500人規模
30億塩基対のうち、1億塩基対にSNPがある(個人差がある部分がある)
日本のプロジェクト
ゲノム配列解読手法の推移
サンガ―法 正確だが手間コスト時間がかかる 1人分 1億円
現在 次世代シークエンサー 1人分 7万円
NGSシーケンサー 本体数千万円、保守契約年400万円
データも膨大なのでクラウド化
本にはムーアの法則がw
PCR!! これって今話題のやつですか?
PCRはDNAを増幅する技術で、同じものです。ここでは、配列を解読するためにDNA量を増やすのに使われています。コロナの検査では、特定の配列が存在するかどうかを調べるために使っています。 (なるほどありがとうございます)
ヒトゲノム研究の大規模化
UKバイオバンク
80万人の全ゲノムSNP
追跡調査にも使われる?
アイスランド
全国民のデータを製薬会社に提供
医療サービスを受ける
精密医療(precision medicine)
「ゲノム情報を医療に活用しよう!」(by オバマ 2015)
地図()の中でより意味のある場所を調べよう
遺伝子のデータを統計的に分析する / 遺伝統計学
Python
Bioconda
R
簡単にわかりそうなページ
実装偏
PythonとR
PythonはAnaconda
R
R-STUDIO
WSLのRとR-STUDIO導入方法
質問