毎回入れておけば良さそうなパッケージ
#basic
いつでも入れてしまっておけば良いのではないかというパッケージをまとめておきます。
一般的に、ggpubr() はグラフ描くのによく使われる(ggplot2が便利になる)と思うのですが、僕はggplot2だけで描いてしまうことが多いようなので、コメント化してあります。必要な時にシャープを消して有効化しましょう。
不等分散に弱い検定(U検定とかクラスカルなやつとか)は最初から使わない気で入れてません(逆にブルンナームンツェルで使うパッケージはコメントで一応入れました)。
ggExtraは、相関とれば必ず使うのですぐに使えるようにコメントとして入れました。
code:r
# ---------- preparation in advanca 事前準備--------------------------------------------------
# Install packages if not installed 必要なパッケージが無けれな自動でインストール-----
if(!require("ggplot2")) install.packages("ggplot2") #グラフ描く
#if(!require("ggpubr")) install.packages("ggpubr") #ggplot2がもっと便利に
if(!require("dplyr")) install.packages("dplyr") #データ整形に使う(filterとか)
if(!require("tidyverse")) install.packages("tidyverse") #データの積み重ねとかに使う
if(!require("ggfortify")) install.packages("ggfortify") #先に直接.tar.gzの圧縮fileをCRANからDLしてRstudioのPackgesウィンドウからインストール
if(!require("patchwork")) install.packages("patchwork") #複数のグラフを並べる 
#if(!require("ggExtra")) install.packages("ggExtra") #plotの周辺にhistogramなどを表示
#if(!require("lawstat")) install.packages("lawstat") #needed for Brunner-Munzel test
# clear R's brain 一度参照したリストもしくは変数を次の作業で消す-----
rm(list = ls())
# Load libraries 必要なパッケージの読み込み-----
library(ggplot2) #グラフ描く
#library(ggpubr) #ggplot2がもっと便利に
library(dplyr) #データ整形に使う(filterとか)
library(tidyverse) #データの積み重ねとかに使う
library(ggfortify) #needed for autoplot()
library(patchwork) #複数のグラフを並べる 
#library(lawstat) #needed for Brunner-Munzel test
#library(ggExtra) #plotの周辺にhistogramなどを表示
# Data input 今後以下のパスからデータを自動で読み込みする場合-----
library(readr)
データのお名前 <- read.csv(file.choose()) #Run and choose XXXXデータのファイル名XXXX.csv
#ここを実行(Run)するとfile選択画面になるので
#横長データをtidyデータに変換したものも予め作っておく(within多重比較や作図に便利)
データのお名前_tidy <- gather(データのお名前, key = "Season", value = "aveTemp", aveTemp_SpAut, aveTemp_summer, aveTemp_winter)
#keyは新しく作る列名(カテゴリカル変数名)、valueは値の新しい列名、その後に続くのが縦長に並べ替えたい列名
# # ----------prep done 準備だん------------------------------------------------------------