図をPDFで出力
https://scrapbox.io/files/65e7fb2af45a4a0024f6c46c.png
Rで作った図をPDFで出力するのは簡単です。上のスクショのようにPlotのパネルにあるメニューから選ぶだけです。サイズは、僕はいつもA4を指定しています。とりあえず画像で欲しいときは、Save as Imageからやっても良いのですが、画質を調整しないとショボくなるので、Macのスクショで適当に撮っています。
さて、このサイトの #basic で扱ったグラフは、軸やグラフのタイトル、数値などに日本語フォントを使っています。この状態だと、PDFにエクスポートした際、文字が出力されなくなります。僕は、PDF出力する際は日本語を諦め、Helveticaを指定して英語だけでやることにしています。 --------------
Rの日本語フォントは、たいへん難しい問題です。Rで書いたグラフを写真とともにFigにするためにPDFなどへエクスポート（してからイラレで作図）するときは、結構めんどうで、僕は諦めました。原著論文は英語で書くので問題ないのですが。
ただ、Rstudioで表示させたりそれを png に出力するだけなら、PCにインストールされているフォントを使えます。僕は、日本語表示で図を作りたいときは、Rstudioに表示されたグラフをスクショすることにしています。
フォントはMacなので、HiraKakuProN-W3 を使っていますが、MacとWin問わず使える Meiryo あたりを指定しておくのが無難なのかもしれません。
PDFへの出力をするとき（英語で論文用の Fig を作るとき）は、Helvetica を使っています。
Rに表示させるだけなら、使っている端末のシステムフォントで大丈夫らしいのですが、PDFにエクスポートする際はRにインストールされているフォントを指定しないと文字化けするそうです。
※ あと、Rstudioをアップデートしたりすると、問答無用で日本語フォントが⬜︎⬜⬜みたいになります。いわゆる、餅になるというやつ。この場合、適当なフォントを指定して実行する→使いたいフォントに戻す、みたいな作業を何度かやると、ちゃんと動くようになりました。