CWLcon2024 hackathon

やること

Sapporo-Yevis-Tonkaz-Nekopunch 全部やる

NCGM-pipeline をやる

手順

Yevis metadata を作るもうあった

NCGM-pipeline のテストデータを準備する

ChibaU GPU で local test を通す

Remote test を通す

at028 に投げる

Yevis に入れる

run-crate も一緒に入れる

Tonkaz をやる

code:sh

$ git clone https://github.com/NCGM-genome/WGSpipeline

$ cd WGSpipeline

$ OUTDIR=reference_hg38 ; mkdir -p $OUTDIR ; for url in cat download_links/reference_hg38.download_links.txt ; do echo $url ; file=basename $url ; if ! -f ${OUTDIR}/$file ; then wget $url -O ${OUTDIR}/$file ; fi ; done

$ OUTDIR=wgs_fastq ; mkdir -p $OUTDIR ; for url in cat download_links/wgs_fastq_NA12878_20k.download_links.txt ; do echo $url ; file=basename $url ; if ! -f ${OUTDIR}/$file ; then wget $url -O ${OUTDIR}/$file ; fi ; done