AWS Genomics CLI を試してみる

概要

ここに書いてあることをやるだけ

環境

on macOS 11.6.1

やったこと

Amazon CLI をインストールする

brew で node を入れる

ここで brew install node@16 しないと node 17 が入ってしまい AWS CDKのサポート外になってしまった (2021-11-09)

brew install awscli

agc (というらしい) を取ってきてパスを通す

適当なところに zip をダウンロードして unzip -d agc して ./agc/install.sh をする

$HOME/bin を勝手に彫りやがるので install.sh をいじって $HOME/local/bin に変更した

code:agc

$ agc --help

🧬 Launch and manage genomics workloads on AWS.

Commands

Getting Started 🌱

account Commands for AWS account setup.

Install or remove AGC from your account.

Contexts

context Commands for contexts.

Contexts specify workflow engines and computational fleets to use when running a workflow.

Logs

logs Commands for various logs.

Projects

project Commands to interact with projects.

Workflows

workflow Commands for workflows.

Workflows are potentially-dynamic graphs of computational tasks to execute.

Settings ⚙️

version Print the version number.

configure Commands for configuration.

Configuration is stored per user.

Flags

-h, --help help for agc

-v, --verbose Display verbose diagnostic information.

--version version for agc

Examples

Displays the help menu for the specified sub-command.

$ agc account --help

emoji が入るのが今っぽい

zsh の completion も入れてくれるらしい

agc completion zsh > "${fpath[1]}/_agc"

CDK Bootstrap

AWS CDK という CloudFormation (Cfn) の toolkit を入れる必要があるらしい

npm install -g aws-cdk

node@17 だと派手めの warning が出る

code:cdk-warning

cdk --version

!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

!! !!

!! This software has not been tested with node v17.0.1. !!

!! You may to encounter runtime issues, and should switch to a supported release. !!

!! !!

!! As of the current release, supported versions of node are: !!

!! - ^12.7.0 !!

!! - ^14.5.0 !!

!! - ^16.3.0 !!

!! !!

!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

1.131.0 (build 7560c79)

そんな怒らんでもいいやんけ

Bootstrapします

指定したアカウントと credential のアカウントが違うとのこと

aws コマンドの configure をします

権限周りでコケるのがつらいので administratorAccess をつけます（危険）

あとで消して作り直す

気を取り直してもう一度

code:cdk-bootstrap

cdk bootstrap --profile agc aws://<account number>/ap-northeast-1

⏳ Bootstrapping environment aws://<account number>/ap-northeast-1...

CDKToolkit: creating CloudFormation changeset...

✅ Environment aws://<account number>/ap-northeast-1 bootstrapped.

でけた

AGCをactivateします

agc account activate

DynamoDBのテーブルとかS3バケットとかVPCとかを作るらしい

5minsほどかかるとのこと

code:activate

$ agc account --awsProfile agc activate

...

コケる

なぜ……

エラーはこれだった

Nat Gateway is not available in this availability zone

AZ変えられるのか、、？

issueを立てる

今度は違うエラーが

VPCの上限値に達したとか

EC2にElastic IPが割り当てられないとか

使ってないリソースは消してくれ、、、

できた！

code:activate

agc account --awsProfile agc activate

2021-11-09T18:29:52+09:00 𝒊 Activating AGC with bucket '' and VPC ''

続き

usernameの登録

agc configure email inutano@inutano.com

Hello World やる

code:helloWorld

$ agc context --awsProfile agc deploy --context myContext

...

SUMMARY false myContext

クソが！

と思ったら Cfn のコンソールを確認すると create_complete になっている、、、？

謎、、、、

実行してみます

code:run-hello

$ agc workflow --awsProfile agc run hello --context myContext

2021-11-10T16:05:05+09:00 𝒊 Running workflow. Workflow name: 'hello', Arguments: '', Context: 'myContext'

5d23aaf6-8ac8-4111-84bf-b26e9fed62f7

$ agc workflow --awsProfile agc status

2021-11-10T21:14:21+09:00 𝒊 Showing workflow run(s). Max Runs: 20

WORKFLOWINSTANCE myContext 5d23aaf6-8ac8-4111-84bf-b26e9fed62f7 true COMPLETE 2021-11-10T07:05:10Z hello

$ aws --profile agc ssm get-parameter --name /agc/_common/bucket --query 'Parameter.Valuee' --output text

None

はい、、、

消しましょうね

code:deactivate

$ agc context --awsProfile agc destroy -c myContext

2021-11-10T21:41:36+09:00 𝒊 Destroying context(s)'

$ agc account --awsProfile agc deactivate

2021-11-10T22:13:28+09:00 𝒊 Deactivating AGC. Deactivation may take up to 5 minutes to complete and return.

Cfn に cdk bootstrap した残骸が残っているが消す方法は地味に stack を潰すしかないらしい

まあ害はないっぽいので放っておこう

で？

よしなにCfnしてくれるのは便利

便利だがそれだけ

しかし独自yamlを書かされるのは頂けない

WES立てろや

おしまい。