namerootではうまく編集できないouput名の編集

目的

inputのFileやstringを用いて、outputファイル名を作成したい（例）inputのファイル名を一部変えたoutputファイル名

code:bash

# before

examele-foo.vcf.gz

# after

example.vcf.gz

解答

他の入力パラメータを使って出力名を作成する例を示します。この場合、example.vcf.gzからexamele-foo.vcf.gzを作りたいので、namerootフィールドを使うだけでは不十分です。（例）$(inputs.vcf.nameroot)

code:yaml

cwlVersion: v1.2

class: CommandLineTool

requirements:

InlineJavascriptRequirement: {}

baseCommand: echo

inputs:

vcf: string

output_name:

type: string

default: 'dummy text'

inputBinding:

valueFrom: $(inputs.vcf.slice(0, -7))-foo.vcf.gz

outputs: []

このように実行できます

code:bash

$ cwltool sample.cwl --vcf example.vcf.gz

INFO /home/vscode/.local/bin/cwltool 3.1.20240708091338.dev14+gacd6a1b0

INFO Resolved 'sample.cwl' to 'file:///workspaces/cwltool/sample.cwl'

example-foo.vcf.gz

example-foo.vcf.gz

{}INFO Final process status is success

実装例

注意点

default: 'dummy text'を入れないと、下記valueFromは動かない

valueFrom: $(inputs.vcf.slice(0, -7))-foo.vcf.gz

output_nameは入力値としては基本的に与えないが、type:string?にはしない

type:string?は、output_nameの値がnullになり、output_nameのvalueFromが実行されないため、このケースでは機能しない。

type:string?にしても動くが、冗長

namerootではなぜだめなのか？

namerootはファイル名だけ取り出し最後の「.拡張子」を取り除くのには有効

code:yaml

# $(inputs.vcf.nameroot)

# vcf = path/to/examele-foo.vcf.gz

$(inputs.vcf.nameroot)+.txt