bcftoolsのindexがないときのエラーメッセージ

結果

bcftoolsの実行でエラーになった

コマンド

code:bash

cwltool fixed_version_by_yamaken.cwl --header annots.hdr --annotationfile chr_Y_molecular_annotation.tsv.gz --vcf S1.haplotypecaller.vcf.gz S1.haplotypecaller_togovar.vcf.gz --output_name S1.haplotypecaller_togovar.vcf.gz

CWL

エラーメッセージ

code:bash

Could not initialize the annotation file: /var/lib/cwl/stg42ecf495-2088-4b1d-ad1e-66d2dab0066b/chr_Y_molecular_annotation.tsv.gz

考察

そもそもbcftoolがindexがないときにその存在チェックエラーを出すべき、このエラーメッセージからindexファイルがないことに気がつくのは困難

対策

secondaryFiles:で実行環境にindexファイルを置いてあげるようにして、解決した。

メモ

bioinfomaticsではコマンドに渡すファイルの、indexファイルは同じディレクトリにある前提であり、コマンドにはindexファイルを明示的に指定しない。indexファイルがないと動かないのに、それを明示的にコマンド引数に指定しないのは、さまざまな不要なエラーや不要なデバッグ時間を発生させる。

せめて、indexファイルをinputに必要としているツールは、indexファイルの存在確認をエラーメッセージで出してほしい