CWLのsecondaryFilesのすべて
#CWL
CWLがエラーを吐いた
バイオインフォマティシャンがそれは暗示的なindexファイルのせいだとBioHackathonで言ってた。
(ref.)https://www.uta-net.com/song/57940/
Case
bcftoolsのindexがないときのエラーメッセージ
メモ
bioinfomaticsではコマンドに渡すファイルの、indexファイルは同じディレクトリにある前提であり、コマンドにはindexファイルを明示的に指定しない。indexファイルがないと動かないのに、それを明示的にコマンド引数に指定しないのは、さまざまな不要なエラーや不要なデバッグ時間を発生させる。
せめて、indexファイルをinputに必要としているツールは、indexファイルの存在確認をエラーメッセージで出してほしい