NCBI Taxonomyへの修正提案のススメ
2026-01-14
#研究
自分で取得した塩基配列データ等をINSDC（DDBJ/ENA/GenBank，DRA/ENA/SRAなど）に登録する際，自分がデータを取得した生物種に対応する適切な学名がデータベースになかったり，最新の分類体系と合わない形で整理されていたりすることがあります。そんなとき，NCBI Taxonomyのキュレーターに修正提案をすると直してもらえるかも，という話です。
学名とINSDCへの登録時に利用するTaxonomy IDとの紐づけはNCBI Taxonomyのキュレーターによって管理・更新されています。以下は公式FAQからの引用です（強調は大貫によるもの）。
Is there a regular taxonomy ftp update cycle, or are files updated as needed?
Curators do not make updates based on a specific schedule. Entrez Taxonomy is reindexed and updated weekly, the Taxonomy Browser is updated in real time (as the taxonomy database is edited by the taxonomy group) and the Taxonomy FTP dump files are updated hourly. An archive of monthly historical taxdumps is available: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump_archive/
Unpublished taxonomic names are not allowed in NCBI records. Consequently, placeholder names are substituted until such time as associated proposed novel names have been published. It is made clear to submitters that it is their responsibility to notify NCBI when a new name associated with their sequence submission(s) has been published. Unfortunately, most submitters do not do so. As a result, updates usually occur only when NCBI staff happen to come across a publication with a new taxonomic name or when database users, such as yourself, bring it to our attention. NCBI taxonomy staff do make an effort to find such names, but this is not their primary responsibility. It occurs only when they are able to find time to do so. There is no specific time cycle associated with such updates.
公式にははっきりとは書かれていないように見受けられますが（もしどこかにもっとちゃんと書いてあったら，誰か教えてください），NCBI Taxonomyのキュレーターに修正依頼を出すことで，学名を追加・整理してもらうことが可能です。
初めて連絡する場合は，NCBIのcontact一覧のうち，GenBank HelpかSequence Submission Helpにメールで連絡するのがよいようです（たとえばResearchGateのこの投稿）。どの種名をどのように変更すべきなのかを明確にし（例：種名A（Taxonomy ID: XXX）--> 種名B），その理由と根拠となる論文のDOIリンクを添えて連絡します。その分類群のキュレーターに連絡が回り，その日〜数日以内に返事が返ってきます。主張が認められれば，この時点でNCBI Taxonomyデータベースは修正されます。非常に簡単です。以後同様の分類群で修正依頼がある場合には，キュレーターのメールアドレスに直接連絡すればよいです。
ちなみに魚類については，NCBI TaxonomyはEschmeyer's Catalog of Fishesに原則準拠しているらしいです。以下は大貫が修正依頼を出したときのキュレーターからの返事です。
I would urge you to make the same case for these changes to the editors of Eschmeyer's Catalog of Fishes whose nomenclature we generally follow. Our treatment of these names had followed theirs.
ただし，Eschmeyer's Catalog of Fishesはなるべく亜種を識別せず，種あるいはシノニムになるよう整理する見解のようです。以下はEschmeyer's Catalog of Fishesの編集者からの返事です。
Sadly, we do not distinguish subspecies in the Catalog, so for the time being we prefer to follow the latest evidence and treat the various "subspecies" as valid species or as synonyms.
この点，NCBI Taxonomyのキュレーターは柔軟で，亜種への変更も認めてくれます。分子系統解析等に利用される関係上も，分子データで入れ子状になってしまうような「別種」は，なるべくまとまった学名になっていた方がいいのかもなあと想像します。以下はNCBI Taxonomyのキュレーターからの返事です。
It turns out that you and I share this one criticism of Eschmeyer's Catalog of Fishes, otherwise an excellent resource, that it has very much a bias against subspecies, a rank recognized by the ICZN.
ぼくは分類学は門外漢なので，亜種を認めるべきかどうかの議論に関わりたい気持ちはあまりありませんが，データベースの分類体系は，分類学の人たちの議論をきちんとフォローしつつ，使う人にとって紛れなく使いやすいのが一番だと思います。ここは自分が修正提案できそうだな，した方が自分にとっても便利になるな，というときには，積極的に修正提案していきたいですね。