分子病理専門医講習会
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分子病理診断における検査の質保証
（臨床）検査の品質保証とArtとしての外科病理診断はコンセプトが違う
病理医の立ち位置
個別化医療
がんゲノム医療
NGS登場によるシーケンスコストの低下
Cost per Genome
2007年から安くなった
分子標的薬の開発が進んだ
IHC・FISH etc.・mutation
Research Use Only
In Vitro Diagnositic
病理医の存在意義
病理医がコミットした方が質が上がる
病理組織検体のコントロールという職責
病理医にしかできない作業がある
日本では病理診断と臨床検査が分断されているが、NGSはその狭間にある
分子病理学的検査
国際的な認証・認証制度 nananana.icon
CLIA nananana.icon 日本ではCLIA準拠施設になる CAP-LAP nananana.icon 全世界での基準化 国内では30施設が認証済み 臨床検査の品質
品質保証
きちんとするのと成功させるのは同義ではない
分析的妥当性 Analityic validity
臨床的妥当性 Clinical validity
臨床的有用性 Clinical utility
倫理的法的社会的問題 Ethical, legal and social implications
標準手順書
検査室の一般事項
検査の品質確保と職員の安全を担保した設備を整備しているか
設置適格性評価
運転時適格性評価
性能適格性評価
要員
教育訓練：力量保持者
検体取扱い
腫瘍率判定 → 薄切 → 核酸抽出
NGSのシステム
コントロール検体
シーケンス検体
内部精度管理と外部精度管理 nananana.icon
内部精度管理 自分でログをとる
自施設でモニタリングする
外部精度管理 結果をだせるか
技能試験プログラム
CAPなど
検査後プロセス
結果の報告
標準手順書の変更・管理
Qualityの検討
設備の充実
要員（力量評価・技能訓練）
品質管理会議
個人情報の保護・倫理指針に関わる知識
個人情報保護法
行政機関個人情報保護法
独立行政法事など個人情報保護法
個人情報保護条例
個人情報保護法 2000個問題 nananana.icon
個情法の義務規定の適用除外（第76条）→ 個人情報保護法のみ
当該各号に規定する目的
大学その他の学術研究を目的とする機関もしくは～
都道府県では条例に含まれていないことがある
個人識別符号・要配慮個人情報・匿名加工情報 nananana.icon
個人識別符号
DNAを構成する塩基の配列
全核ゲノムシークエンスデータ
全エクソームシークエンスデータ
SNP
STR
要配慮個人情報
ゲノム情報（解釈をくわえたもの）
政令定める記述などが含まれる個人情報
原則として本人の同意を得ることが必要（原則とは例外はないと考える）
心身の機能障害など
補足：医療従事者が扱うため、政令には明記されていない
匿名加工情報
匿名加工情報と匿名化された情報の違い nananana.icon
匿名加工情報
法律（個人情報保護法）によるもの
匿名化された情報
倫理指針の規定に沿ったもの
匿名加工情報と非識別加工情報の違い nananana.icon
非識別加工情報
行政機関個人情報保護法および独立行政法人個人情報保護法による
診療と研究 New!
診療：個々の患者に対して
症例発表は診療に含まれる
研究：不特定多数
医学人体実験
複数の医師による人体実験
ニュールンベルグ綱領
ヘルシンキ宣言：人を対象とする医学研究の倫理的原則
臨床倫理審査委員会の設置
保護対象はすべてのひとびととその臓器や組織・細胞・遺伝子・診療情報を含む
国内外非人道的人体実験
統合してあたらな倫理指針として定められた
変更点
用語の定義
生命科学
研究協力機関
試料の提供のみは除く
用語の定義の見直し
多機関共同研究
研究代表者・研究責任者
多施設の研究責任者の代表を研究代表者という
インフォームド・コンセント
研究に得られた結果などの取扱い
ゲノム指針
原則として開示（だだし、権利利益を害するおそれがあれば全部又は一部を開示しないことができる）
開示を希望していない場合には、開示してはならない
その他
ガイダンスに整理する
三省のホームページに掲載する
ガイダンスなどの掲載URL
個人情報保護法と研究倫理指針との体系イメージ
研究倫理指針
個人情報保護法（4～7章）
独立行政法人個人情報保護法
行政機関個人情報保護法
個人情報保護条例
個人情報保護法（1～3章）基本理念
個人情報の保護に関する基本方針（閣議決定）
ゲノムとがん遺伝子の基礎
ゲノム医療
ゲノムについての基礎
がんの遺伝学
The cencer genome atlas
RASが一番多い
cbio portal
人は46本 nananana.icon
染色体クロモゾーム
短腕ー長腕
ヒトゲノム 3.2Gbp nananana.icon
がんでみられる主な染色体異常
ヘテロ接合体異常
LOH
欠失
重複
逆位
挿入
転座
ミスセンス変異 nananana.icon
ナンセンス変異 nananana.icon
フレームシフト nananana.icon
同義 nananana.icon
非同義 nananana.icon
遺伝子異常の表記 nananana.icon
アミノ酸の表記
DE 負電荷をもつ
RKH 正電荷をもつ
NQSTY 電荷をもたず極性
TP53遺伝子変異の例
Gemes in human henome
繰り返し配列 50%
遺伝子 25%
Exon 1.5% nananana.icon
Cancer panel analysis
Read depth
変異頻度
DNAの修復メカニズム
ミスマッチ修復異常
Lynch syndrome
MSI-H
ヌクレオソームとヒストン複合体
エピジェネティクス
DNAのメチル化
ヒストン修飾
ヒストンH3のN末端の修飾
免疫組織学染色：PHH3、H3K27M、H3K27me3
クロマチンリモデリング複合体
IDH変異によるゲノムの構造制御による転写調節
循環がん細胞とセルフリーDNA
CTC
cfDNA
がん遺伝子についての基礎
化学物質による発癌
ウイルス発癌
ラウス肉腫ウイルス
c-Src
EML4-ALK
HER2
リン酸化チロシンをSH2領域が認識して結合
がんと分子標的治療
がんゲノム医療の現状と展望
RTK/RAS
EGFR
EGFR dominant
Bypass Signaling Tracts
MANO法
VUS 意義不明変異の評価法
がんの経時的な遺伝子変異
直列か枝分かれか
膠芽腫GBM MSK-IMPACT
形態に基づく遺伝子解析の重要性
Sequential
De novo
Branch-off
時間・空間的なtumor heterogeneity
がん遺伝子パネル検査に求められるタイミング
ゲノム診断技術に関わる知識
検査システムの薬事承認・保険適用
体外診断薬と臨床検査薬
日本臨床検査薬協会
医薬品
診断用医薬品
体内診断用医薬品
体外診断用医薬品ー臨床検査薬
治療用医薬品
試薬ー臨床検査薬
体外診断用医薬品開発のプロセス（概要）
基礎研究：RUO
方法確立：分析性能・IUO
臨床性能試験
薬事申請：IVD
保険申請
クラス分類
クラスⅠ
クラスⅡ
CD20
クラスⅢ
癌・HIV・HCV
腫瘍マーカー
保険診療で用いられているもの
コンプリメンタリー診断薬
遺伝子パネル検査システムの薬事承認 コンビネーションで診断する
クラスⅢ 体外診断用医薬品
クラスⅡ以上の医療機器
薬事承認
シークエンサーサンプル調製試薬
テンプレート試薬
解析プログラム
NGSの種類によりそれぞれすべてを承認されているわけでは無い
保険適用
E1・E2・E3
E3：中医協で承認 難度が高い
保険適用までのプロセス
内保連ルート
コンパニオン診断とプロファイル検査
測定対象
想定される治療
結果の位置づけ
施設
検査薬・医療機器として評価される性能
横断的コンパニオン診断薬等に関するガイダンス
PMDAコンパニオン診断薬などの情報
CGP検査におけるCDx項目の取扱い
膵癌患者にgBRACA2変異陽性 → BRACAnalysis不要
胃癌でERBB2増幅陽性 → HER2 IHC/ISH検査不要
ERBB2
乳癌のみがコンパニオン
FFPE検体を用いた体細胞遺伝子検査
リアルタイムPCR法
ルミネックス法
フラグメント解析法
ダイレクトシークエンス法
HRD検査：myChoice診断システム
GIS＋BRCA1/2解析=診断システム
ICI治療関連のバイオマーカー検査
PD-L1 IHCシステムが3種類
横断的コンパニオン診断ガイドラインで整理されそう
MSI
MSI検査キット
F1CDx・NCCオンコパネル
MMR IHC検査
TMB：腫瘍変異負荷量
MSI-HとTMBとPD-L1の関係
重複は癌腫により様々
結腸癌はTMB-HとMSI-Hがほぼ重なる
がんゲノムプロファイル検査
新規血漿CGP
組織と血漿の使い分け
利点と注意点
CDx関連項目
同等で無いが有用ではあるので承認された
Liquidの性能が劣るのは明らか
融合遺伝子の検出
METex14
NTRK遺伝子再構成の検出方法
次世代シークエンス法
FFPE検体準備
ライブラリー調整
アンプリコン法
関心領域を設定
ハイブリッドキャプチャー法
オンコパネル・F1CDx
シークエンス
プロトン測定法
エマルジョンPCR
逐次合成シークエンス法
ブリッジPCR
オンコパネル・F1CDx
リキッドバイオプシー
検体
腫瘍細胞由来 ctDNA
すべての細胞由来 cfDNA
特徴
低侵襲
選択バイアスが無い
モニタリング可能
がん腫やステージ別でcfDNA検出率が変わる
Gurdant360
PGx ファーマコゲノミクス
がんの遺伝子異常と、その解釈について
がんゲノム医療とは
治療標的分子の同定
層別化による治療最適化
遺伝性の確認
遺伝子パネル検査作業の流れ
組織診断
解析委託
エキスパートパネル
フローチャート
検体採取
検体選択
データ解析
エキスパートパネル
C-CAT(がんゲノム情報管理センター)
Molecular Tumor Board
腫瘍細胞含有割合を正しく評価する nananana.icon
有核細胞数での計測
解釈
KRASのVariant frequency（変異率）
VAFの2倍が腫瘍細胞含有割合の目安になる
F1CDxは会社の病理医が、NCCオンコパネルは各医療機関ごとにトリミングラインを決める
SNV
non synonymousが重要（アミノ酸が置換する）
SNP：一塩基多型
Indel：挿入または欠損
CNV：コピー数が変化 CN=2が正しい（正常）
Gain増幅とLoss欠失(1,0)
LOH：対立遺伝子が欠失すること
エピゲノム異常（現在は検出困難）
DNAメチル化
ヒストン修飾
がんゲノムに何が起こっているのか
増殖機構の亢進
KRAS、EGFR、ALK
細胞壊死機能、増殖制御機構の喪失
p53、APC
ゲノム修復
MLH1、POLE
ゲノム不安定性
BRCA1/2 ATM
病的生殖細胞系列バリアント
HBOC、Lynch
がん遺伝子、がん抑制遺伝子
がん遺伝子：片アリルの異常で発症
増幅
融合遺伝子 Fusion
がん抑制遺伝子：両方のアリルで異常が重ならないと発症しない
ナンセンス変異
Indel
スプライシング変異
非同義変異
Two Hitで失活する
LOHはどう判定するのか
SNPの分離の割合で判定するが...
Gain-Lossと変異率のインバランス
ゲノム修復機構の喪失
dMMR MSIを伴う
TMBのカットオフ値
現実的には10以上となっている(F1CDxの基準値)
ゲノム不安定性
HRDの評価 HRR遺伝子
二次的所見の運用指針
エキスパートパネル
C-CAT調査結果
保険診療におけるCGPのタイミングと治療の流れを理解しておく
分子腫瘍学の基礎知識・病理診断に必要な遺伝子変異に関する知識
融合遺伝子：イントロン領域を解析対象とする36の遺伝子
役割で分類
がん遺伝子
がん抑制遺伝子
局在で分類
細胞外
細胞膜
細胞質
核内
がんの発生・進展
APC・β-catenin → K-RAS → 18q → p53 → Other
The Hallmarks of cancer（2000） → 2011にUpdate
増殖が前半、浸潤が後半にランダムに起こる
細胞がん化に関わるシグナル伝達経路
Integrated Circuit
診断・治療法選択に関わる遺伝子異常
形態 → IHC
免疫形質や転座
ひとつの融合遺伝子が多数の腫瘍発生に関わる（1対1では無いが参考になる）
上皮性腫瘍においても融合遺伝子が存在する
チロシンキナーゼが関与する融合遺伝子
ALKoma
c-kit遺伝子変異 ← 薬剤感受性が異なるので調べたい
エピジェネティック異常
エキスパートパネルに必要な基礎知識
ゲノム医療＝ゲノム情報に基づく医療
複数の遺伝子を一度に調べる
標準治療後の治験で効果が確認できる例がある
適切な治療選択を行えるかが大切
バイオマーカーに基づいたがん腫横断的な承認薬
Pembrolizumab：MSI-high マイクロサテライト不安定性を有する固形がん
Entrectinib：NTRK1/2/3融合陽性の固形がん
分子標的治療薬
小分子化合物
EGFR阻害剤
HER2阻害剤
抗体薬
CD20
がんゲノム医療中核・拠点・連携病院 225施設
遺伝子パネル検査のながれ
検査説明・同意取得
解析試料の採取・選択・採血
遺伝子パネル検査実施 8000点
エキスパートパネル
結果の説明・治療選択 48000点
DPC・企業治験・患者死亡で48000点は保険適応されない可能性あり
標準治療の終了見込みの固形がん
1症例1回のみ
薬剤到達割合：10%前後
受け皿試験：患者申出療養制度を活用したバスケット型試験
患者申出療養の申請：個別試験のデータが散逸する・煩雑
適格基準
固形腫瘍・治癒切除不能・・・
エキスパートパネル
構成員
がん薬物療法の専門的知識をもつ臨床医
遺伝医学の専門的知識をもつ医師
遺伝医学のカウンセリング技術をもつ者
病理医
分子遺伝学・ゲノム医療の知識を持つ者
バイオインフォマティシャン
小児腫瘍の専門的知識をもつ医師
開催要件
Web会議も許容
検討事項
検体及びデータの品質
遺伝子変異
生物学的意義付け
治療薬
治験・臨床試験・エビデンスレベル
エビデンスレベル分類（3学会ガイダンス）
A～Dがactionable
CDxで陰性でもNGSが陽性ならエキスパートパネルの推奨があれば、コンパニオン検査を再度行うこと無く治療開始できる
診断・予後
生殖細胞系列病的バリアント
遺伝子多型DB
遺伝子多型であるかどうかの判定が可能
体細胞変異DB
治療薬
C-CAT調査結果
まとめ
専門医試験回答例