ChikoChikoMachine v3による細胞トラッキング
ワンクリックで、目的の細胞の自動トラッキング、画像クロップ、複数チャンネルの定量ができるようになっています。
バージョン: v3.0.0 / ライセンス: MIT
インストール
GithubのReleaseからChikoChikoMachine_v3.jarをダウンロード ChikoChikoMachine_v3.jarをImageJの plugins/ フォルダにコピー
ImageJを再起動
Plugins ▸ Tracking ▸ ChikoChikoMachine に出ればOK
クイックスタート
1. 時間経過スタック／ハイパースタックを開く
2. プラグイン起動 → Image と（マルチチャンネルなら）Tracking channel を選択
3. モードを選んで Start / New cell をクリック
4. 画像上で細胞をクリック（右クリックで1細胞の追跡終了）
5. 複数細胞は Add another cell、誤検出は Review & Fix で修正、 その後 Measure & Export や Crop movie を実行
https://gyazo.com/2bae9062487c8d27419f83fb55b7775d
パラメータ
Crop size … 出力動画のサイズ
Cell diameter … 細胞のおよその直径
Max displacement … 1フレームの最大移動量（速い細胞は大きめ、密なら小さめ）
Appearance … 蛍光は Bright、明視野は Dark
リンク
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